1. 请问做分子对接用哪个软件好谢谢
常用的对接程序
DOCK 3.5, DOCK4.0, DOCK5.0, DOCK6.3
AutoDock
FlexX
GOLD
Glide
ICM
FT-DOCK
GRAMM
其中第一个软件,是最早出现的对接程序
另外,autodock是可以嵌在其它程序里的,比如PC MODEL里就含有autodock,可以用来做分子对接
主要注意一下,很多程序是需要付费的
2. 怎样在ubuntu中安装分子对接ZDOCK软件
解压开来里面应该有readme
会告诉你一步步做,比如./configure make make install
3. 简述分子对接的主要类型及其优缺点
各种分子对接方法对体系均有一定的简化,根据简化的程度和方式,可以将分子对接方法分为三类。
刚性对接:刚性对接方法在计算过程中,参与对接的分子构像不发生变化,仅改变分子的空间位置与姿态,刚性对接方法的简化程度最高,计算量相对较小,适合于处理大分子之间的对接。
半柔性对接:半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化,但通常会固定大分子的构像,另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制,如固定某些非关键部位的键长、键角等,半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力,是应用比较广泛的对接方法之一。
柔性对接:柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化,由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长,因此柔性对接方法的计算量非常大,消耗计算机时很多,适合精确考察分子间识别情况。
(3)做分子对接软件无法保存图片扩展阅读
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说,Fisher提出的受体学说认为,药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系,这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。
随着受体学说的发展,人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识,从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基于空间匹配和能量匹配的柔性模型。模型的优化使通过计算模拟分子间相互作用的设想更容易实现。
另一方面,计算机和计算科学的迅速发展又使得人们能够处理大量数据,这两方面的因素共同促成了分子对接方法的出现。
早期的分子对接方法用分子力学方法或者量子化学方法计算小分子之间分子识别,在一些分子模拟软件包中也含有分子对接的模块。但是由于算法和计算机处理能力的限制,早期的对接方法较难处理含有大分子的分子对接过程。
1995年由Accelrys公司开发的计算化学软件Affinity上市,这是第一个可以进行有大分子参与的商业化分子对接软件,此后,商业化和免费的分子对接软件层出不穷。
应用中的分子对接软件涵盖了刚性对接、半柔性对接、柔性对接等各种对接方法,在能量优化方面则使用了人工神经网络、遗传算法、模拟退火、禁忌搜索、局部搜索等各种方法,分子对接方法是研究小分子与大分子相互作用模式、生物大分子间识别、分子自组装、超分子结构等课题的常用方法之一。
4. 分子对接出现问题求解答
1 针情况建议按照判断情况助于您解决问题:
1、尝试删除重新添加看否恢复;
2、工具桌面快捷式若安装SD卡重新机错丢失建议核实否添加该些快捷工具否安装机身;若建议其转移机身进行添加尝试;
3、核实否删除该些工具相应apk软件导致数据完整加载错误若已删除重要信息(联系、短信、照片等)第三软件进行备份尝试恢复厂设置操作原部预置功能
若尝试操作仍改善建议送修附近联想服务站点进行进行具体检测维修站点信息登录:进行查询请解
我提供技术案效请您选择采纳效答案便供其用户参考谢
5. 【求助】分子对接软件如何获取及使用说明求答案
Docking的思想是Kuntz提出来的,他也推出了免费的DOCK软件,现在是DOCK6;
AutoDock则是另一款免费软件.
iGemDock是台湾的,免费。
其他免费的、图形化的还有ArgusLab等。
Sybyl, Discovery Studio, MOE等也都内置了Docking功能。
单独的商业化的分子对接软件还有Glide,Gold等几十种。
6. 电脑为什么不能保存图片,不能截图
电脑不能保存图片,不能截图是设置错误造成的,解决方法为:
1、同时按下WIN+R ,在运行中输入regedit回车。
7. 分子对接rmsd能说明什么
分子对接rmsd能说明RMSD值是两个分子之间(或者同一个分子的两个状态之间)的结构差异。
分子对接方面则经常把结晶在蛋白质上的配体提取出来,拿对接软件再对接回去,然后比较对接前后的两个配体之间的RMSD值,这个值越小,说明对接软件的准确性更高。
一般而言是看前者的,因为前者是总能量,后者是相互作用能,如果还想再做的精细一点的话可以对打分程序本身做一个评级,就是以天然底物为reference。
物理化学术语
分子是物质中能够独立存在的相对稳定并保持该物质物理化学特性的最小单元。分子由原子构成,原子通过一定的作用力,以一定的次序和排列方式结合成分子。以水分子为例,将水不断分离下去,直至不破坏水的特性,这时出现的最小单元是由两个氢原子和一个氧原子构成的一个水分子(H₂O)。
8. 又在AI里面做效果图,是PS软件里面直接拉进去的,最后保存的时候不能链接图片是怎么回事怎么解决啊
不能用直接拖拽得方式。你用拖拽得方式就是嵌入了图片。和你得原始文件没有任何关联了。
如果你希望保持图片得动态交互形。
你应该用file》import 得导入命令导入图片。这样就能保存链接了,每当你修改图片,ai中得图片都会自动更新。