1. 請問做分子對接用哪個軟體好謝謝
常用的對接程序
DOCK 3.5, DOCK4.0, DOCK5.0, DOCK6.3
AutoDock
FlexX
GOLD
Glide
ICM
FT-DOCK
GRAMM
其中第一個軟體,是最早出現的對接程序
另外,autodock是可以嵌在其它程序里的,比如PC MODEL里就含有autodock,可以用來做分子對接
主要注意一下,很多程序是需要付費的
2. 怎樣在ubuntu中安裝分子對接ZDOCK軟體
解壓開來裡面應該有readme
會告訴你一步步做,比如./configure make make install
3. 簡述分子對接的主要類型及其優缺點
各種分子對接方法對體系均有一定的簡化,根據簡化的程度和方式,可以將分子對接方法分為三類。
剛性對接:剛性對接方法在計算過程中,參與對接的分子構像不發生變化,僅改變分子的空間位置與姿態,剛性對接方法的簡化程度最高,計算量相對較小,適合於處理大分子之間的對接。
半柔性對接:半柔性對接方法允許對接過程中小分子構像發生一定程度的變化,但通常會固定大分子的構像,另外小分子構像的調整也可能受到一定程度的限制,如固定某些非關鍵部位的鍵長、鍵角等,半柔性對接方法兼顧計算量與模型的預測能力,是應用比較廣泛的對接方法之一。
柔性對接:柔性對接方法在對接過程中允許研究體系的構像發生自由變化,由於變數隨著體系的原子數呈幾何級數增長,因此柔性對接方法的計算量非常大,消耗計算機時很多,適合精確考察分子間識別情況。
(3)做分子對接軟體無法保存圖片擴展閱讀
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說,Fisher提出的受體學說認為,葯物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關系,這種識別關系主要依賴兩者的空間匹配。
隨著受體學說的發展,人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識,從基於空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基於空間匹配和能量匹配的柔性模型。模型的優化使通過計算模擬分子間相互作用的設想更容易實現。
另一方面,計算機和計算科學的迅速發展又使得人們能夠處理大量數據,這兩方面的因素共同促成了分子對接方法的出現。
早期的分子對接方法用分子力學方法或者量子化學方法計算小分子之間分子識別,在一些分子模擬軟體包中也含有分子對接的模塊。但是由於演算法和計算機處理能力的限制,早期的對接方法較難處理含有大分子的分子對接過程。
1995年由Accelrys公司開發的計算化學軟體Affinity上市,這是第一個可以進行有大分子參與的商業化分子對接軟體,此後,商業化和免費的分子對接軟體層出不窮。
應用中的分子對接軟體涵蓋了剛性對接、半柔性對接、柔性對接等各種對接方法,在能量優化方面則使用了人工神經網路、遺傳演算法、模擬退火、禁忌搜索、局部搜索等各種方法,分子對接方法是研究小分子與大分子相互作用模式、生物大分子間識別、分子自組裝、超分子結構等課題的常用方法之一。
4. 分子對接出現問題求解答
1 針情況建議按照判斷情況助於您解決問題:
1、嘗試刪除重新添加看否恢復;
2、工具桌面快捷式若安裝SD卡重新機錯丟失建議核實否添加該些快捷工具否安裝機身;若建議其轉移機身進行添加嘗試;
3、核實否刪除該些工具相應apk軟體導致數據完整載入錯誤若已刪除重要信息(聯系、簡訊、照片等)第三軟體進行備份嘗試恢復廠設置操作原部預置功能
若嘗試操作仍改善建議送修附近聯想服務站點進行進行具體檢測維修站點信息登錄:進行查詢請解
我提供技術案效請您選擇採納效答案便供其用戶參考謝
5. 【求助】分子對接軟體如何獲取及使用說明求答案
Docking的思想是Kuntz提出來的,他也推出了免費的DOCK軟體,現在是DOCK6;
AutoDock則是另一款免費軟體.
iGemDock是台灣的,免費。
其他免費的、圖形化的還有ArgusLab等。
Sybyl, Discovery Studio, MOE等也都內置了Docking功能。
單獨的商業化的分子對接軟體還有Glide,Gold等幾十種。
6. 電腦為什麼不能保存圖片,不能截圖
電腦不能保存圖片,不能截圖是設置錯誤造成的,解決方法為:
1、同時按下WIN+R ,在運行中輸入regedit回車。
7. 分子對接rmsd能說明什麼
分子對接rmsd能說明RMSD值是兩個分子之間(或者同一個分子的兩個狀態之間)的結構差異。
分子對接方面則經常把結晶在蛋白質上的配體提取出來,拿對接軟體再對接回去,然後比較對接前後的兩個配體之間的RMSD值,這個值越小,說明對接軟體的准確性更高。
一般而言是看前者的,因為前者是總能量,後者是相互作用能,如果還想再做的精細一點的話可以對打分程序本身做一個評級,就是以天然底物為reference。
物理化學術語
分子是物質中能夠獨立存在的相對穩定並保持該物質物理化學特性的最小單元。分子由原子構成,原子通過一定的作用力,以一定的次序和排列方式結合成分子。以水分子為例,將水不斷分離下去,直至不破壞水的特性,這時出現的最小單元是由兩個氫原子和一個氧原子構成的一個水分子(H₂O)。
8. 又在AI裡面做效果圖,是PS軟體裡面直接拉進去的,最後保存的時候不能鏈接圖片是怎麼回事怎麼解決啊
不能用直接拖拽得方式。你用拖拽得方式就是嵌入了圖片。和你得原始文件沒有任何關聯了。
如果你希望保持圖片得動態交互形。
你應該用file》import 得導入命令導入圖片。這樣就能保存鏈接了,每當你修改圖片,ai中得圖片都會自動更新。